D. flavicaudus nằm trong nhóm phức hợp loài Dascyllus reticulatus cùng với Dascyllus carneus và Dascyllus marginatus. Phức hợp Dascyllus trimaculatus được tách ra từ phức hợp reticulatus vào khoảng 3,9 triệu năm trước (Thế Pleistocen).[7]

McCafferty và cộng sự (2002) phát hiện rằng, quần thể D. reticulatus được chia thành hai dòng khác nhau và tách biệt về mặt địa lý, dòng phía bắc phạm vi có quan hệ cận ngành với D. flavicaudus, còn dòng thứ hai hợp thành nhóm chị em với D. carneus. McCafferty và cộng sự không tìm thấy bất kỳ sự khác biệt nào trong trình tự DNA ty thể (mtDNA) để phân biệt giữa D. flavicaudus và dòng D. reticulatus phía bắc. Nếu chúng được xếp vào nhóm loài đồng nghĩa với nhau, cái tên Dascyllus reticulatus sẽ được ưu tiên hơn Dascyllus flavicaudus.[8][9]